26 сентября 1800 г.  по решению Святейшего Синода была открыта Уфимская духовная семинария. Открытие классов семинарии совершалось постепенно, дело было трудное и сложное. Первым ректором стал архимандрит Лаврентий. В 1807 г. в классах ввели как предметы славяно-греко-латинское церковное красноречие, медицину, рисование, в 1808 г. —  немецкий и французский языки. В 1898 году в семинарии училось 181 учеников. В 1917 году семинария была закрыта. Здание Духовной семинарии — памятник архитектуры XIX в., один из лучших образцов архитектуры классицизма в Уфе. Здание возведено в 1826-1828 гг. по проекту архитекторов Трофимова и Кудинова. В настоящее время в здании размещаются Министерство промышленности, энергетики и инноваций и Торгово-промышленная палата Республики Башкортостан.